Durante seu reinado, Filipe II manteve os portugueses nos cargos relacionados à administração de Portugal e das colônias portuguesas, sobretudo no Brasil. Essa ação do rei foi tomada para evitar qualquer tipo de desgaste com os portugueses, assim, minimizando o risco de que rebeliões acontecessem em Portugal.
Portanto, percebe-se que a Espanha não assumiu controle sobre a colônia brasileira, deixando-a a cargo dos portugueses. O historiador Thomas E. Skidmore afirma que a grande mudança determinada pela Espanha no Brasil foi “a regularização dos procedimentos administrativos e judiciários, incluindo o desenvolvimento de novos códigos civil e penal em 1603”|1|.
