O Governo de Portugal se recusava á aderir ao bloqueio devido á sua aliança com a Inglaterra, da qual era extremamente dependente. Suas riquezas vinham de suas colônias, principalmente do Brasil. Com um reino decadente, Portugal não tinha como enfrentar Napoleão.A Inglaterra reagiu, e em janeiro de 1807 foram emitidas algumas ordenanças que institucionalizaram o comportamento da Marinha Real Britânica com relação aos navios neutros que tinham como destino os portos franceses. Os navios abordados em alto-mar eram capturados e vendidos em leilão, além de ter toda a carga sequestrada. Como resultado, as mercadorias coloniais desapareceram dos mercados dos países que aderiram ao bloqueio.Em agosto de 1807, Napoleão enviou um ultimato ao Príncipe Regente de Portugal, D. João (que viria a se tornar D. João VI). Ou ele rompia com a Inglaterra, ou Portugal seria invadido pelas tropas francesas. Mas, a Inglaterra ofereceu proteção à Família Real Portuguesa e forçou D. João á aceitar o embarque para o Brasil.
