O museu tinha um acervo com mais de 20 milhões de objetos, tinha um valor socio-histórico gigante, não só para o Brasil, mas para o mundo. O museu tinha registros de pesquisas com tribos indígenas que sequer existem mais, com traduções para seus idiomas, o museu também tinha um grande acervo de fósseis (inclusive o cranio humano mais antigo da América) e de objetos da cultura egípcia. A consequência principal é a perda de todo o conhecimento existente no museu, construído com vidas de estudo de pesquisadores. É um desastre enorme o incêndio do museu​