Parte da resposta a esta questão, e a mais divulgada, é o sistema copernicano. Defender o sistema copernicano significava defender que a Terra não está imóvel, nem no centro do mundo, mas que se move em torno de si mesma e que o Sol é o centro do mundo, e totalmente imóvel de movimento local. Galileu defendia, entretanto, outras idéias, que, analisadas cuidadosamente, não somente revelam marcadamente seu pensamento, como mostram-se determinantes na sua condenação pelo Tribunal do Santo Ofício em 1633.

Pietro Redondi, em seu livro Galileu Herético, mostra que o verdadeiro motivo de sua condenação foram as implicações teológicas de suas idéias a respeito da constituição da matéria.1 Redondi destaca que os trechos da Escritura concernentes ao problema do movimento do Sol não eram nem tão numerosos nem tão importantes, e de resto, nenhum concílio havia jamais estipulado o geocentrismo como verdade de fé. No mais, o Cardeal São Roberto Bellarmino, o mesmo que advertiria Galileu oficialmente no palácio do Vaticano em 1616, numa carta ao padre Foscarini, que publicara uma teoria sobre a concordância entre o heliocentrismo e a Escritura, não rejeita o heliocentrismo, mas, diz que não acreditaria numa demonstração do heliocentrismo, até que esta lhe fosse mostrada:

“Em terceiro lugar, eu digo que se houvesse uma demonstração verdadeira de que o Sol está no centro do Mundo e a Terra no terceiro Céu, e que o Sol não circula a Terra mas a Terra circula o Sol, então, teria-se de proceder com grande cuidado em explicar as Escrituras, na qual aparece o contrário. E diria antes que nós não as entendemos do que, o que é demonstrado é falso. Mas, eu não acreditarei que exista tal demonstração até que esta me seja mostrada”.2 “Uma coisa é provar que se salvam as aparências supondo que o Sol está no centro do Mundo e que a Terra está no Céu; outra coisa é demonstrar que na verdade o Sol está no centro do Mundo e a Terra no Céu. Creio que a primeira demonstração pode ser dada; mas duvido muito da segunda; e, em caso de simples dúvida, vós não deveis abandonar a Escritura tal como ela foi exposta pelos Santos Padres. . .”.3

Como salienta Paolo Rossi, “o sistema copernicano foi muitas vezes apresentado por Galileu como a única alternativa possível ao sistema ptolomaico, não faltam passagens em que os dois sistemas são apresentados como contraditórios: as ‘razões’ que mostram a insustentabilidade do segundo parecem suficientes para confirmar a validade do primeiro”.4 Continuando, Rossi afirma que “a não poucos contemporâneas de Galileu pareceu que as provas e as experiências aduzidas em favor de Copérnico comportassem o necessário abandono da astronomia ptolomaica, mas não eram suficientes para fundamentar a verdade do sistema copernicano. Nesta convicção - além da real ausência de provas 5 - eles eram auxiliados pela existência de um terceiro sistema do mundo (o de Tycho Brahe), que gozou de notável fortuna até a metade do século XVII. O seu sistema geostático (a Lua, o Sol e as estrelas fixas giram em torno da Terra; os cinco planetas giram em torno do Sol) não parecia refutável por observações empíricas; destruía na raiz a crença milenar nas esferas cristalinas e a teoria aristotélica dos cometas; confirmava as vantagens teóricas do copernicanismo ao qual era matematicamente equivalente: parecia excluir todas as ‘dificuldades’ ligadas à tese do movimento da Terra”.6

Destas dificuldades que se opunham a toda hipótese não-geocêntrica comenta também Koyré: “ora, para a física antiga, o movimento circular (de rotação) da Terra, no espaço, se afigura - e devia afigurar-se - como oposto a fatos incontestáveis e em contradição com a experiência cotidiana; em suma, como uma impossibilidade física”.7

Por sua vez, a prudente vigilância das especulações do sistema copernicano pela Igreja fazia-se necessária, dado o significado religioso e mágico que lhe era atribuído pelos filósofos herméticos, como comenta Eliade: “um resultado extremamente surpreendente da pesquisa contemporânea [...] foi a descoberta da função importante que a magia e o esoterismo hermético exercera, não só durante a Renascença italiana, mas também como fator de influência no triunfo da nova astronomia de Copérnico, ou seja, da teoria heliocêntrica do sistema solar. [...] O fato de Giordano Bruno ter recebido entusiasticamente as descobertas de Copérnico não se deveu em primeiro lugar à sua importância científica e filosófica, mas ao fato de ter ele compreendido o profundo significado religioso e mágico do heliocentrismo. Enquanto estava na Inglaterra, Bruno profetizou a volta iminente da religião oculta dos antigos egípcios, conforme expressa em Asclepios, um texto hermético famoso. Bruno se sentia superior a Copérnico, porque, enquanto o último via sua teoria exclusivamente do ponto de vista matemático, o primeiro podia interpretar o diagrama celestial de Copérnico como um hieróglifo dos mistérios divinos”.8

​