O IIRSA recebe críticas de caráter ambiental e político. Os ambientalistas denunciam que os projetos induzirão ao desmatamento, em especial os do eixo 5, na faixa do Amazonas. O complexo de obras que inclui a hidrovia e as hidrelétricas do Rio Madeira, incluiriam eclusas que permitiriam o transporte hidroviário na região, são consideradas por muitas ONGs ambientalistas como sendo um projeto que supostamente vai causar grande impacto ambiental.
